Vivió una infancia haciendo labores del campo, buscando cualquier reunión o evento social en donde la música fuera protagonista.
Al llegar a la adolescencia decidió que su pasión por la música era muy grande como para limitarse a sólo escucharla, sin embargo, Como las clases costaban cubrió largas jornadas en el campo para poder pagarlas. Tomó clases particulares de poesía, redacción, composición clásica y orquestación, y pronto dominó varios instrumentos: piano, órgano, violín, viola, violonchelo, contrabajo y guitarra.
Macedonio siempre sobresalió por su gran empeño y dedicación, lo cual vio recompensado cuando el gobierno del estado de Oaxaca le concedió una beca para continuar sus estudios en la Ciudad de México. Años más tarde regreso a Oaxaca y se integró a la Sociedad Filarmónica de Santa Cecilia. Fue director de la Banda de Música de Oaxaca.
Para el año de 1850 ya tenía su propio conjunto musical que tocaba en bailes, serenatas y fiestas particulares. Pronto se volvió muy popular y había ocasiones en que tenía que desplazarse de un municipio a otro el mismo día para amenizar fiestas y reuniones.
Alcalá creaba sus propios temas, principalmente valses por lo que llegó a tocar a la capital, en donde fue reconocido como un compositor excelso.
Algunos años después se trasladó a la ciudad de Yanhuitlán, Oaxaca, donde fungió como profesor de música, casó y tuvo hijos, y con el paso de los años su situación económica se fue volviendo más y más precaria. Intentó volver a tocar en eventos y fiestas, pero lo que ganaba no era suficiente para darle una vida estable a su familia, lo cual le llevó a la depresión.
Debido a las dificultades económicas decidido regresar a Oaxaca para buscar mejores oportunidades e inició el viaje en compañía de su hijo José, pero no consiguió llegar, pues cayó enfermo por un problema hepático causado por el alcoholismo.
Cuando Macedonio y su familia ya habían perdido toda esperanza la Sociedad de Santa Cecilia, integrada por filarmónicos oaxaqueños, le enviaron un médico, medicinas y apoyo económico y espiritual por el tiempo que fuera necesario para que se restableciera.
Aunque seguía muy enfermo, Macedonio Alcalá se sintió motivado por tener trabajo que hacer y puso todo su esfuerzo en la composición de "Dios Nunca Muere", inspirado por la ayuda que sentía haber recibido de Dios en esos momentos tan adversos.
"Dios Nunca Muere" tuvo un éxito rotundo desde la primera ocasión en que se tocó en público, y el pueblo entero estaba tan agradecido con el Mtro. Alcalá que le brindaron toda la ayuda necesaria para que terminara de recuperarse y concluyera finalmente su traslado a la ciudad de Oaxaca.
Así, se estableció de nuevo en su ciudad natal, en donde radicó el resto de su vida, falleció el 24 de agosto de 1869.